Что имеется в виду под работой на супер-эвм?
Запуск параллельных вычислений, других мультинодных задач в пределах кластера из серваков с быстрой коммутацией?
Если да, то спешу огорчить, этого не делает только ленивый.
И никакого «своего дистрибутива» делать не надо, кроме как для минимального образа для запуска нод кластера, с того же tftp, или любым другим любимым сетевым способом, в котором ничего, кроме ядра для запуска клиента оркестратора(и/или виртуализации) - не будет.
А ядро можно брать минимальное, обследовать вдоль и поперёк на предмет уязвимостей, любым нравящимся способом.
При чем, этот «дистрибут» можно собирать автоматом и тестировать его запуск и доставлять на ноды кластера автоматом.
Манифесты для автоматического создания и прочие пайплайны для ci/cd - пишутся под конкретные задачи за часы/дни.
Классическая виртуализация нужна? Для монолитных приложений. Дык та же история, этот «ваш» Qemu/kvm/libvirt, опять таки легко, поднимается со всеми селфтестами, ci/cd, автоматической доставкой - элементарно. И кстати опять таки, все эти вещи никакая не часть ядра уже, а именно обвязка, злокозненными буржуями писанная.
Если юзать чужое, то на кой болт пытаться портировать софт с кучей проприетарщины, тот же редхат и сайнтифик?
Всё есть, всё лежит в открытом доступе, всё исследуется на уязвимости конкурирующими конторами, вообще, на дворе 2 десяток 21 века.
А они «дистрибутивы собирают», ядра патчат по документам редхата.
Я ещё как-то могу понять стремление собирать дистрибутивы для рабочих станций. Это да, сеть есть не везде, надо грузиться, надо работать локально. Хотя, это и менее безопасно, чем работа в управляемой сети. 
Но несколько лет пилить «дистрибутив» для «супер-ЭВМ», передирая у редхата и сайнтифика, это просто за гранью добра и зла.